新版《办法》将纳入补贴的商品有机肥范畴由原先的符合《有机肥料》（NY525-2012）要求的商品有机肥，扩大调整到符合《有机肥料》（NY525-2012）、《生物有机肥》（NY884-2012）、《有机-无机复混肥料》（GB18877-2009）的产品。

新版《办法》将商品有机肥推广应用补贴标准由原先省定的经济欠发达地区补贴200元/吨、其他地区补贴150元/吨，调整为由各地按补贴产品种类，结合当地实际自行确定补助标准，但明确省补资金补贴额度不得超过产品单价的三分之一。

新版《办法》将按预安排指标的110%分解落实的任务下达方式，调整为在需求意向调查的基础上，考虑化肥定额制落实情况、历年实施绩效等情况，研究确定分地区商品有机肥推广任务，并用原一类地区补助200元/吨、二类地区补助150元/吨的标准进行转移支付分配测算，实行“因素法”切块下达。

新版《办法》将省补商品有机肥采购模式由原先的省补贴商品有机肥推广应用实行招投标制，调整为省补贴商品有机肥产品由各地根据当地实际，通过统一采购、补贴对象自主采购等多种方式，确定供肥企业，明确具体方式、程序由县（市、区）农业农村部门会同当地财政部门制定后报送省农业农村厅、省财政厅备案。

新版《办法》明确了建立补贴产品质量核查制度，供肥企业所供肥料应附上出厂合格证明，每批供货应告知当地农业农村部门，每50吨至少抽取一个样品，做好留样封存，同时要求各级农业农村部门加强对供肥企业和所供商品有机肥产品质量的监管，不定期组织对供肥企业和产品质量的监督检查，并建立商品有机肥产品投诉举报机制。新办法还要求县（市、区）农业农村部门建立商品有机肥补贴量控制和使用田块轮换制度。